至於核能發電占比部分，長風基金會主張，有鑑於天然氣占50%、再生能源占20%的虛幻目標不可能達成，因此2025年核能仍必須扮演我國能源配比中的相當比重。目前四座核電廠之中，核一廠已進入除役程序，可以如期除役；核二廠目前正常運作；核三廠運轉情況良好，可在2025年之後延役一段時間。至於完工但封存的核四廠，則可以在天然氣及再生能源確定無法達標之情況下，經安全檢視無虞後開始啟動發電。台灣才不會有「缺電、限電、空污」的危機，而核能持續運轉一段時間，也才可以讓目前未臻成熟的再生能源技術，有充足時間完成貯能及有效發電的技術突破。

中央大學講座教授梁啟源表示，蔡英文政府的能源政策違背國際趨勢。目前核電政策維持不變的國家有美國、俄羅斯等27個國家，依計畫興建核電廠的則有18個國家；原本打算廢核的國家中，瑞士已在2016年否決核電廠除役，比利時也同意延役，就連曾經發生核災的美國、俄國以及日本目前都決定繼續發展核能發電，世界上只剩下德國跟台灣主張短期內廢核。

梁啟源說，德國2000年決定廢核政策，當年核電比重29.7%，但經過17年，到2017年時德國核電還佔13%比重，而台灣要從2016年12%核電占比到2025年就要降到零核電，賭注會有多大可想而知，何況台灣是個獨立電網系統，無法從鄰近國家獲得任何電力調度支援。

長風基金會建議2025年最適發電配比以燃煤30%、燃氣40%、核能15%及再生能源15%為目標。長風基金會依據能源分散度HHI(Hirschmann-Herfindahl Index) (0-1)為計算公式，數值越小表示越分散、能源安全較高。計算結果，蔡英文政府2025年的能源分散度為0.38，長風基金會的能源分散度則為0.295，較蔡政府為低。

杜紫軍指出，蔡英文政府發電配比將使得2025年電價成本累計漲幅高達45%(3.80元/度)，估計GDP下降1.31%、就業人數減少8.3萬人、消費者物價上揚1.30%。

中華經濟研究院助研究員陳中舜表示，「台灣並不缺電，缺的是政治家的良心」。蔡英文政府不承認缺電危機，但同時又引用《電源不足時期限制用電辦法》限電，事實上是自打嘴巴，因為現在採取的許多降壓、限電措施，必須在「電源不足時期」前提下才能啟動。蔡政府掩耳盜鈴的做法，恐已有違法之虞。

陳中舜指出，蔡政府能源政策的真正問題在於「躁進」，德國廢核導致了家庭用電上漲3.8倍，工業用電電價上漲1.8倍，2017年核電還占比13%。現在蔡政府要在短短7年內達成零核電，「激進式能源轉型的『代價』，台灣準備好了嗎？